En 1997, il adapte et met en scène un roman autofictionnel de Claude Lucas sur le monde carcéral, Suerte, et obtient le prix de la jeune création au festival d’Alès.
En 2002, il crée Le Début de l’A de Pascal Rambert dans un dispositif bi-frontal qui empêche le public d’assister à tout ce qui est joué. Cette façon de questionner encore et toujours le rapport au spectateur, soit par la place qu’il lui donne dans l’espace, soit par la perte de repères en jouant avec la réalité et la fiction, soit par une démultiplication des signes pour assouplir, voire détourner les codes de la représentation théâtrale devient sa marque de fabrique.
A partir de 2005, il met en scène le monde du travail et ses conflits (Les Yeux rouges de Dominique Féret sur le conflit Lip, Les Vivants et les Morts de Gérard Mordillat). Il produit alors un théâtre engagé, axant sa réflexion sur le rôle social du théâtre : source d’émancipation ou de divertissement ? Il propose alors une grande fresque de 8 heures sur une lutte ouvrière plus ou moins fictive, qui entraîne le grand public avec lui.
C’est à l’occasion des Sondes organisées avec le Centre national des Écritures Scéniques à la Chartreuse de Villeneuve-lès-Avignon que naîtra le projet suivant Les Témoins. Il conduira la compagnie à un travail de près de quatre ans autour du traitement théâtral de l’actualité, questionnant de manière encore plus interactive la place (physique et virtuelle) du spectateur.
En 2014, Julien Bouffier ressent la nécessité de revenir à la fable avec une version du Mépris de Godard. Avec Le jour où j’ai acheté ton mépris au Virgin Megastore, il assume pour la première fois la position d’auteur et prolonge sa rêverie liée au cinéma, au théâtre musical, à la chorégraphie. En 2015, avec L’art du théâtre de Pascal Rambert, il s’éloigne pour la première fois du côté spectaculaire pour proposer une forme légère, à installer partout, et centre son travail sur le jeu de l’acteur. Il initie un compagnonnage au long cours avec Marie-Claude Verdier, jeune auteure québécoise. Leur collaboration prend forme en 2016 avec Andy’s gone, duel entre femmes et entre générations, duo tout-terrain pour spectateurs appareillés de casques audio.
Dès 2016 il travaille à l’adaptation du roman de Sorj Chalandon, Le Quatrième mur, projet franco-libanais qui se construira avec des acteurs libanais découverts lors des résidences de travail à Beyrouth-Liban. Le Quatrième mur sera créé à La scène nationale La Filature de Mulhouse en janvier 2017, puis en tournée dans tout l’hexagone.
Avec Le temps de Vivre, il signe les mises en scène d’Alger Terminal 2 et de Mon vieux et moi.